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多肽组学

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多肽组学是以机体内源性多肽和低分子量蛋白质为研究对象,研究多肽组的结构、功能、变化规律及其相关关系。多肽和蛋白质没有明显的界限,通常认为分子量小于10kDa的蛋白质称为多肽。多肽组学和蛋白质组学都是基因组学的补充,多肽可以体现不同生理病理条件下蛋白的合成、加工和降解过程,同时对基因的表达、物质代谢等过程又有调节作用,因此多肽组学被认为是连接蛋白组学和代谢组学的"桥梁"。
 
技术优势:
高效:提高提取样本内源性多肽效率;
高通量:同时对多个样本的内源性多肽进行研究;
高特异性:非抗体依赖,不存在抗体的交叉反应;
定性定量:实现内源性多肽的定性,定量分析;
破坏度小:保证提取多肽的天然性;
高灵敏度:利用高灵敏度、高分辨率质谱平台进行检测。
 
多肽组技术流程:
 
蛋白质组学
 
技术参数:
样本要求:
动物及临床组织标本 200 mg/sample、
血清、血浆         200 μL/sample
细胞 、微生物     1×107 cells/sample
植物嫩叶、嫩芽   500mg/sample
植物种子、果实   100mg/sampl
 
储存和运输:
液氮或-80℃保存;足量干冰运输,避免反复冻融。
 
百趣检测平台:
 
蛋白质组学
 
应用方向:
 
蛋白质组学
 
案例分享:
Multiplexed Temporal Quantification of the Exercise-regulated Plasma Peptidome
运动调节血浆多肽组的研究
研究对象:人血浆多肽组学
发表期刊:Molecular & Cellular Proteomics
影响因子:IF=4.87   
研究内容:
多细胞生物进化出复杂的机制来实现细胞间的交流。这种机制是体内平衡的基础,使机体能够对环境做出适当的反应。最常见的通讯方法之一是响应环境干扰,从一个细胞中分泌或释放蛋白质和肽。这些信号通过血液传播来调节其他细胞和组织的生理路径。因此,对血液中肽的全面测定揭示了这种复杂的器官间通讯系统并记录其在特定条件下如何变化。多肽组研究技术的应用为发现新的调节因子和临床诊断工具提供了契机。在本研究中,作者对高强度运动后的人进行了内源性血浆肽的研究。鉴定到6652个肽段,552个蛋白group,多肽的酶切位点map到94个上游蛋白酶。对血浆的深入肽谱分析显示,运动通过蛋白酶和PTM网络迅速调节数百种生物活性肽的循环。这些发现表明,多肽是一种理想的方法,可以量化全身范围内循环因子因运动等生理干扰而发生的变化。这可能是确定运动产生健康益处调节因子的关键方法。
 
搜库软件:
Proteome Discoverer(v2.1), MaxQuant (v1.5.3.30)
分析策略:
GO analysis,Reactome analysis,KEGG analysis
研究路线:
 
蛋白质组学
 
蛋白质组学
            
部分应用文献:
[1] Secher, A., Kelstrup, C. D., Conde-Frieboes, K. W., Pyke, C., Raun, K., Wulff,B. S., and Olsen, J. V. (2016) Analytic framework for peptidomics applied to large-scale neuropeptide identification. Nat. Commun. 7, 11436.
[2] 2. Shen, Y., Liu, T., Tolic, N., Petritis, B. O., Zhao, R., Moore, R. J., Purvine, S. O.,Camp, D. G., and Smith, R. D. (2010) Strategy for degradomic-peptidomic analysis of human blood plasma. J. Proteome Res. 9, 2339 –2346.
[3] Aristoteli, L. P., Molloy, M. P., and Baker, M. S. (2007) Evaluation of endogenous plasma peptide extraction methods for mass spectrometric biomarker discovery. J. Proteome Res. 6, 571–581.
[4] Che, F. Y., and Fricker, L. D. (2005) Quantitative peptidomics of mouse pituitary: comparison of different stable isotopic tags. J. Mass Spectrom.40, 238 –249.
 
 
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