蛋白质组学（proteomics），是以蛋白质组为研究对象，研究细胞、组织或生物体蛋白质组成及其变化规律的科学。包括蛋白质的表达水平，翻译后修饰，蛋白与蛋白相互作用等研究内容，集中于动态描述基因调节，对基因表达的蛋白质水平进行定量的测定，鉴定疾病、药物等对生命过程的影响，以及解释基因表达调控的机制。
蛋白质组学可应用于蛋白功能、标志物、疾病机理、药物靶点，农作物发育、食品安全与营养，新型病毒抑制因子的挖掘等研究领域。
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