复杂的生物样品经过蛋白分子量或等电点差异进行分离后，单一条带（点）中蛋白种类变得相对简单，进而显著增加蛋白鉴定深度，对于低丰度蛋白、翻译后修饰蛋白的鉴定都具有较大提升。利用液相色谱质谱联用技术（LC-MS/MS）结合数据库检索的方法，对表达蛋白、Co-IP、GST pull-down等样本中的混合蛋白进行定性分析，可实现同时定性目的蛋白及其相互作用蛋白，构建目的蛋白的相互作用蛋白谱。
技术优势：
对鉴定的物种无限制；
不仅可以检测蛋白，同时可进行不同修饰的鉴定。
技术流程：
技术参数：
样本要求：
胶条样本
（1）考马斯亮蓝染色SDS-PAGE凝胶，条带清晰可见；
（2）条带切取操作过程中佩戴手套，防止角蛋白污染；
（3）条带置于EP管中，-20℃保存，冰袋运输。
蛋白溶液
（1）需要提供缓冲液体系以及蛋白浓度数据；
（2）蛋白溶液样本中不需要加入loading buffer；
（3）足量干冰运输，避免反复冻融。
检测平台：
QE-HFX（Thermo Scientific）
应用方向：
Pull-down、Co-IP产物的质谱分析；
简单的蛋白样本（2D斑点或纯化蛋白）的质谱分析；
混合蛋白溶液内直接酶解（in-solution digestion）的质谱分析；
蛋白混合物的SDS-PAGE胶内酶解（in-gel digestion）的质谱分析。
案例分享：
Proteomics Analysis of Formalin Fixed Paraffin Embedded Tissues in the Investigation of Prostate Cancer
福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)组织是大规模研究的宝贵资源，但由于蛋白质的交联，其在蛋白质组学中的应用受到了限制。本研究对FFPE组织蛋白质组学分析方案进行了优化，并在FFPE-前列腺癌（PCa）临床标本上进行了初步应用。使用七种蛋白质提取方案处理FFPE小鼠组织，利用SDS电泳和高分辨率LC-MS/MS对蛋白质组的提取效果进行评价。然后对FFPE和匹配的新鲜冷冻（FF）组织样本使用优化的方案处理分析，结果表明蛋白质鉴定有大量重叠，且相对丰度有很强的相关性（rs=0.819，p<0.001）。对10例PCa患者及邻近良性病变的FFPE组织进行处理分析，发现蛋白质在癌组织和癌旁良性组织之间的调节解除，反映了前者的翻译、肽合成和蛋白质代谢的增加，这与文献相符。综上所述，这些结果支持蛋白质组学在PCa背景下的相关性发现以及优化的FFPE材料蛋白质组学分析方案的可靠性。
部分应用文献：
1.Mantsiou A , Makridakis M , Fasoulakis K , et al. Proteomics Analysis of Formalin Fixed Paraffin Embedded Tissues in the Investigation of Prostate Cancer[J]. Journal of Proteome Research, 2020, 19, 2631−2642.
2. Ogilvie O, Roberts S, Sutton K, et al. Proteomic modelling of gluten digestion from a physiologically relevant food system: A focus on the digestion of immunogenic peptides from wheat implicated in celiac disease[J]. Food Chem ,2020 ,Dec 15;333.
3.Warsame AO, Michael N, O'Sullivan DM, Tosi P, et al. Identification and Quantification of Major Faba Bean Seed Proteins[J]. J. Agric. Food Chem 2020 ,Aug 12;68(32).
4.De, Wang Y, Lu R, et al. E3 ligase ZFP91 inhibits Hepatocellular Carcinoma Metabolism Reprogramming by regulating PKM splicing[J]. Theranostics 2020;10(19)
