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蛋白质定性质谱检测分析

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复杂的生物样品经过蛋白分子量或等电点差异进行分离后,单一条带(点)中蛋白种类变得相对简单,进而显著增加蛋白鉴定深度,对于低丰度蛋白、翻译后修饰蛋白的鉴定都具有较大提升。利用液相色谱质谱联用技术(LC-MS/MS)结合数据库检索的方法,对表达蛋白、Co-IP、GST pull-down等样本中的混合蛋白进行定性分析,可实现同时定性目的蛋白及其相互作用蛋白,构建目的蛋白的相互作用蛋白谱。
 
技术优势:
对鉴定的物种无限制;
不仅可以检测蛋白,同时可进行不同修饰的鉴定。
 
技术流程:
 
蛋白质组学
       
技术参数:
样本要求:
胶条样本
(1)考马斯亮蓝染色SDS-PAGE凝胶,条带清晰可见;
(2)条带切取操作过程中佩戴手套,防止角蛋白污染;
(3)条带置于EP管中,-20℃保存,冰袋运输。
蛋白溶液
(1)需要提供缓冲液体系以及蛋白浓度数据;
(2)蛋白溶液样本中不需要加入loading buffer;
(3)足量干冰运输,避免反复冻融。
 
检测平台:
 
蛋白质组学
QE-HFX(Thermo Scientific)
 
应用方向:
Pull-down、Co-IP产物的质谱分析;
简单的蛋白样本(2D斑点或纯化蛋白)的质谱分析;
混合蛋白溶液内直接酶解(in-solution digestion)的质谱分析;
蛋白混合物的SDS-PAGE胶内酶解(in-gel digestion)的质谱分析。
 
案例分享:
Proteomics Analysis of Formalin Fixed Paraffin Embedded Tissues in the Investigation of Prostate Cancer
福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)组织是大规模研究的宝贵资源,但由于蛋白质的交联,其在蛋白质组学中的应用受到了限制。本研究对FFPE组织蛋白质组学分析方案进行了优化,并在FFPE-前列腺癌(PCa)临床标本上进行了初步应用。使用七种蛋白质提取方案处理FFPE小鼠组织,利用SDS电泳和高分辨率LC-MS/MS对蛋白质组的提取效果进行评价。然后对FFPE和匹配的新鲜冷冻(FF)组织样本使用优化的方案处理分析,结果表明蛋白质鉴定有大量重叠,且相对丰度有很强的相关性(rs=0.819,p<0.001)。对10例PCa患者及邻近良性病变的FFPE组织进行处理分析,发现蛋白质在癌组织和癌旁良性组织之间的调节解除,反映了前者的翻译、肽合成和蛋白质代谢的增加,这与文献相符。综上所述,这些结果支持蛋白质组学在PCa背景下的相关性发现以及优化的FFPE材料蛋白质组学分析方案的可靠性。
 
蛋白质组学
 
部分应用文献:
1.Mantsiou A , Makridakis M , Fasoulakis K , et al. Proteomics Analysis of Formalin Fixed Paraffin Embedded Tissues in the Investigation of Prostate Cancer[J]. Journal of Proteome Research, 2020, 19, 2631−2642.
2. Ogilvie O,  Roberts S,  Sutton K, et al. Proteomic modelling of gluten digestion from a physiologically relevant food system: A focus on the digestion of immunogenic peptides from wheat implicated in celiac disease[J]. Food Chem ,2020 ,Dec 15;333.
3.Warsame AO,  Michael N,  O'Sullivan DM,  Tosi P, et al. Identification and Quantification of Major Faba Bean Seed Proteins[J]. J. Agric. Food Chem 2020 ,Aug 12;68(32).
4.De,  Wang Y,  Lu R, et al. E3 ligase ZFP91 inhibits Hepatocellular Carcinoma Metabolism Reprogramming by regulating PKM splicing[J]. Theranostics 2020;10(19)
 
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蛋白质定性质谱检测分析