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DIA定量蛋白质组学研究

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数据非依赖型的扫描模式(Data-independent acquision,DIA)是近几年来发展的一种新的质谱数据采集方式。它是对传统shotgun分析(采用DDA模式,Data Dependent Analysis)的一种改进技术,能够对复杂样品中的所有信号进行无偏向性的MS分析,从而获得更高的肽段覆盖率。DIA扫描模式将质谱整个全扫描范围分为若干个窗口,高速、循环地对每个窗口中的所有离子进行选择、碎裂、检测,从而无遗漏、无差异地获得样本中所有离子的全部碎片信息。
 
基于Orbitrap的DIA技术优势:
(1)定性定量准确度高,通常35,000-60,000分辨率采集;
(2)数据通量更高,质量轴长期稳定地保持在1 ppm,无需内标校正或频繁外标校正;
(3)超高灵敏度,谱图质量高,Amol (10-18 mol) 级;
(4)高通量,能同时监测所有目标蛋白;
(5)超快扫描速度,12-20 Hz;
(6)动态范围及线性范围达5个数量级以上;
(7)独一无二的多重累积 msxDIA,进一步提高选择性。
 
技术流程:
 
蛋白质组学
 
技术参数:
样本要求:
动物及临床组织标本 200mg/sample
血清、血浆      200μL/sample
细胞 、微生物    1×107cells/sample
植物嫩叶、嫩芽   500mg/sample
植物种子、果实   100mg/sample
 
检测平台:
 

蛋白质组学

应用方向:
 
蛋白质组学
 
案例分享:
Quantitative proteomics identified 3 oxidative phosphorylation genes with clinical prognostic significance in gastric cancer
本研究的目的是探讨胃癌(GC)形成的内在机制。在GC中鉴定出了生物代谢过程中蛋白质表达和相关功能的差异。胃癌组织与胃正常组织(n=10)共检测到745个差异表达蛋白(DEPs),主要涉及38条通路,所有已鉴定的参与氧化磷酸化的差异蛋白均下调。此外,GC还具有显著的生物代谢过程,如NADH脱氢酶复合物组装和三羧酸循环,这与KEGG分析结果基本一致。UQCRQ、NDUFB7和UQCRC2的高表达与预后呈正相关,表明这些蛋白可能是新的候选诊断和预后生物标志物。
 
蛋白质组学
基于DIA的胃癌及癌旁组织定量蛋白质组学研究
 
部分应用文献:
1.Su F,  Zhou FF,  Zhang T, et al. Quantitative proteomics identified 3 oxidative phosphorylation genes with clinical prognostic significance in gastric cancer[J]. J Cell Mol Med. 2020;00:1–13. 
2.Peian Z,  Haifeng J,  Peijie G, et al. Chitosan induces jasmonic acid production leading to resistance of ripened fruit against Botrytis cinerea infection[J]. Food Chem 2020 Aug 04;337.
3.Zheng X,  Xu K,  Zhou B, et al. A circulating extracellular vesicles-based novel screening tool for colorectal cancer revealed by shotgun and data-independent acquisition mass spectrometry[J]. J Extracell Vesicles 2020;9(1).
4.Clark DJ,  Dhanasekaran SM,  Petralia F, et al. Integrated Proteogenomic Characterization of Clear Cell Renal Cell Carcinoma[J]. Cell 2019 10 31;179(4)
 
 
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DIA定量蛋白质组学研究