数据非依赖型的扫描模式（Data-independent acquision，DIA）是近几年来发展的一种新的质谱数据采集方式。它是对传统shotgun分析（采用DDA模式，Data Dependent Analysis）的一种改进技术，能够对复杂样品中的所有信号进行无偏向性的MS分析，从而获得更高的肽段覆盖率。DIA扫描模式将质谱整个全扫描范围分为若干个窗口，高速、循环地对每个窗口中的所有离子进行选择、碎裂、检测，从而无遗漏、无差异地获得样本中所有离子的全部碎片信息。
基于Orbitrap的DIA技术优势：
（1）定性定量准确度高，通常35,000-60,000分辨率采集；
（2）数据通量更高，质量轴长期稳定地保持在1 ppm，无需内标校正或频繁外标校正；
（3）超高灵敏度，谱图质量高，Amol (10-18 mol) 级；
（4）高通量，能同时监测所有目标蛋白；
（5）超快扫描速度，12-20 Hz；
（6）动态范围及线性范围达5个数量级以上；
（7）独一无二的多重累积 msxDIA，进一步提高选择性。
技术流程：
技术参数：
样本要求：
动物及临床组织标本 200mg/sample
血清、血浆 200μL/sample
细胞 、微生物 1×107cells/sample
植物嫩叶、嫩芽 500mg/sample
植物种子、果实 100mg/sample
检测平台：
应用方向：
案例分享：
Quantitative proteomics identified 3 oxidative phosphorylation genes with clinical prognostic significance in gastric cancer
本研究的目的是探讨胃癌（GC）形成的内在机制。在GC中鉴定出了生物代谢过程中蛋白质表达和相关功能的差异。胃癌组织与胃正常组织（n=10）共检测到745个差异表达蛋白（DEPs），主要涉及38条通路，所有已鉴定的参与氧化磷酸化的差异蛋白均下调。此外，GC还具有显著的生物代谢过程，如NADH脱氢酶复合物组装和三羧酸循环，这与KEGG分析结果基本一致。UQCRQ、NDUFB7和UQCRC2的高表达与预后呈正相关，表明这些蛋白可能是新的候选诊断和预后生物标志物。
基于DIA的胃癌及癌旁组织定量蛋白质组学研究
部分应用文献：
1.Su F, Zhou FF, Zhang T, et al. Quantitative proteomics identified 3 oxidative phosphorylation genes with clinical prognostic significance in gastric cancer[J]. J Cell Mol Med. 2020;00:1–13.
2.Peian Z, Haifeng J, Peijie G, et al. Chitosan induces jasmonic acid production leading to resistance of ripened fruit against Botrytis cinerea infection[J]. Food Chem 2020 Aug 04;337.
3.Zheng X, Xu K, Zhou B, et al. A circulating extracellular vesicles-based novel screening tool for colorectal cancer revealed by shotgun and data-independent acquisition mass spectrometry[J]. J Extracell Vesicles 2020;9(1).
4.Clark DJ, Dhanasekaran SM, Petralia F, et al. Integrated Proteogenomic Characterization of Clear Cell Renal Cell Carcinoma[J]. Cell 2019 10 31;179(4)
