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阿趣课堂春季系列线上讲座答疑 | 代谢组学问题的答案都在这里?

分类:
阿趣动态
发布时间:
2020/03/16 10:59
浏览量
 
3月初我们组织了
阿趣课堂春季系列线上讲座
 
代谢组学
 
现如今,直播的代谢组学讲座已过半
截至今天上午
累计报名的人数已超过5000人
讲座内容受到广泛好评
今天,我们针对
互动答疑环节和大家提出的共性问题
给大家答疑解惑
 
答疑整理
 
 
1
 
Q:做非靶标的研究中,需不需要加内标,一般加什么内标?内标如何选择与购买?
 
A:非靶标检测过程中是需要添加内标的,主要是起到质控和后续数据归一化的作用,之前是添加普通内标比如核糖醇、L-2-氯苯丙氨酸,现在的话我们是使用多种同位素内标,提高数据质量。内标选择的话可以参考文献或者采用我们常用的内标,常规试剂厂家可以购买,标品纯度一般99%以上即可。
 
 
2
 
Q:临床样本一定要30个以上吗?最少可以多少个?动物模型每组不少于8个?再少点可否?临床样本量最少多少例?样本量有些大,不知道是否是行业标准的n值?
 
A:目前没有行业标准,原则上样本数量越多越好,这样筛选出的差异物越可靠,可以排除个体的差异。我们这边根据项目经验、样本类型的生物学复杂程度、统计分析及投稿编辑的需求等给出一些样本类型生物学重复数量供参考,大都也是业内认可的。样本数量可以低于参考数量,为保证顺利进行统计分析至少也要有3例,看样本收集的难易程度等,如果样本量比较少的话可能会遭到编辑质疑。
 
 
3
 
Q:天然产物比如植物样本做代谢组学一组需要多少样本?
 
A:植物样本一般生物学重复数量6个以上,不同植物部位、不同代谢组学检测产品样本量需求不一样,比如做植物广靶的话干样0.5g以上,鲜样1g以上;顶空的话2g以上;常规非靶的话200-500mg。
 
 
4
 
Q:批次间的校准如何实现?批次效应能用生信的方法校正吗?
 
A:主要是通过同一QC样本在不同批次样本检测的时候分别检测,然后将不同批次的结果通过共同的QC样本去校正,不能只是用生信的方法校正。
 
 
5
 
Q:请问代谢组学质控如何保证?比如高通量测序可以看QC曲线,那代谢组学有类似的吗?
 
A:有的,我们公司代谢组学检测目前有七大质控体系来保证我们的过程控制和数据质控,包括仪器稳定性、内标响应情况、物质残留情况、空白样本、QC样本一维图、QC样本二维图、QC样本相关性。
 
 
6
 
Q:代谢组学数据是要用原始浓度数据还是归一化后的丰度数据进行分析?归一化是指每个样品的所有代谢物丰度加和都一样?
 
A:后续数据分析是采用归一化后的数据。归一化主要是有内标归一和面积归一两种,内标归一是每个样本每个peak的峰面积除以内标的峰面积,面积归一是每个样本每个peak的峰面积除以这个样本所有peak峰面积之和,因此不是每个样品的所有代谢物丰度加和都一样。
 
 
7
 
Q:“vip值分析”得到的TOP代谢物,与“差异代谢物分析”中得到的差异代谢物不尽相同,应该选哪个进行后续研究呢?
 
A:我们这边一般差异物是结合单变量统计分析p值和多变量统计分析VIP值筛选的,两种统计方法同时使用可以减少假阳性结果。如果只用VIP值的话实际上只是采用了多变量统计分析方法,筛选差异物的方法不同,没有好坏之分,只能说结合两种方法筛选差异物更严谨,老师可以根据需求选择不同筛选条件下的差异物质进行研究。
 
 
8
 
Q:可以讲一下怎么分析数据吗?
 
A:常规的数据分析思路一般是先将检测数据结果进行数据预处理,然后统计分析(包括单变量统计分析和多变量统计分析)建立模型,通过统计分析找到比较重要的物质(差异物质),后续进行差异物质的结果展示,并进一步找到差异物质参与的生命活动(如KEGG注释,pathway通路分析、调控网络分析等,当然也可以做一些个性化或者高级数据分析内容比如可以与其他组学关联分析等。
 
 
9
 
Q:如果我想做血浆和组织中代谢组学研究,是分开分别寻找组织和血浆中差异代谢物吗,然后通过共有差异物来寻找代谢通路吗?
 
A:如果是做不同类型样本的检测,是需要分开寻找不同类型样本的差异代谢物,可以分开寻找差异通路,也可以用共同的差异物质寻找通路信息,都有文献做过类似研究。
 
 
10
 
Q:请问,非靶标代谢怎么进行筛选,有的时候多个peak对应一个物质或者一个peak对应多个物质?
 
A:如果多个peak对应一个物质的话一般保留打分值比较高的那个peak,一个peak对应多个物质的话保留匹配度最高的peak的物质名称。
 
 
11
 
Q:有做过胎鼠这块的代谢组学吗?可以做海洋动物的血淋巴样本分析吗?有代谢组学和血液病相关的研究吗?
 
A:上述咨询都是可以做代谢组学检测的,关于老师咨询的研究方向或者样本类型是否可以做或者做过代谢组学,可以查找下是否有相关的研究文献。或者说如果研究的内容会导致代谢物变化,那么做代谢组学是没有问题的,毕竟代谢组学主要是是研究小分子物质的变化情况。关于样本的问题,常见的样本比如体液、组织、植物、细胞、微生物等可以做,原则上只要能收集,除了成熟骨细胞(比较难破碎而且钙含量比较高)及临床细菌病毒类(如果能灭活可以考虑),基本上都可以做。
 
 
12
 
Q:我想请问,如果检测到的差异代谢物比较少的话,是不是不能做通路分析?
 
A:可以做的,也是可以找到这些物质参与的通路信息,可能相关的通路信息比较少。
 
 
13
 
Q:代谢组学里面,组与组之间标志物的上下调是怎么判断的?
 
A:比如对比策略是A VS B,如果某个物质A的相对含量比B的相对含量高,那就是上调,下调反之。
 
 
14
 
Q:非靶向和靶向色谱柱用什么?
 
A:不同公司不同检测平台色谱柱不太一样,检测的物质有偏向性,目前我们非靶和靶标LC平台主要是使用 Amide柱,GC平台主要是使用DB-5色谱柱,尽可能地去检测样本里的物质。
 
 
15
 
Q:肝癌代谢样本都是取的什么样本?是手术样本吗?还是血液?
 
A:肝癌代谢样本以血清样本、组织样本居多。样本类型的选择要遵从实验目的和实际情况,尽可能选择接近变异来源的样本。 
 
 
16
 
Q:有没有代谢软件使用方法讲解?
 
A:我们公司公众号里有Simca软件等一些使用教程,也欢迎老师参加我们的线下软件培训课程,如果老师感兴趣可以查找相关资料了解下。
 
 
17
 
Q:血清好还是血浆好?
 
A:血清和血浆样本均可应用于代谢组学研究,只是找出的差异生物标志物会有细微的区别,只要确保样本收集过程的一致性即可。
 
 
18
 
Q:用的什么数据库啊?
 
A:不同平台使用的定性数据库有些区别,主要是自建库结合公共数据库。
 
 
19
 
Q:三组的样本分析方法?
 
A:三组样本与两组样本的分析内容相差不大,主要是统计分析的时候一般是做PCA、PLS-DA、ANOVA分析,后续筛选出关注物质(差异物质)的标准与常规两组不同,再做后续的结果展示和通路分析等内容,不能显示上下调信息。
 
 
20
 
Q:多组学之间的关联分析怎么做?请问转录组、蛋白组和代谢组怎么联合,是两两联合还是三个联合?一起做关联分析的样本量比用来作代谢组的样本少可以吗?不同组学样本需要一个批次吗?
 
A:主要是将不同组学的差异名称和丰度信息去做相关性分析、通路分析、网络分析等。一般做关联分析的话都是两两联合分析,关联分析时两个组学样本数量可以不一致,但是要求样本要一一对应,只能以样本比较少的那个组学为准做关联分析。需要同一批次样本进行多组学的研究,不同批次样本会有批次效应。
 
 
21
 
Q:宏基因组怎么和代谢组联合?肠道菌群和代谢组学结合时,一定要测宏基因吗?16s是否可行?
 
A:宏基因组和代谢组联合分析一般是将差异菌群和差异代谢物数据做相关性分析、Scatter plot分析,将差异基因与差异代谢物做宏基因及代谢物互作网络构建、KEGG Pathway 分析等。肠道菌群和代谢组学联合分析时可以只测16S,但是无法做通路分析等内容。
 
 
22
 
Q:临床样本如何考虑性别?代谢组学的数据怎样与临床指标进行关联分析?
 
A:根据老师的研究内容,可以考虑性别因素,分为不同的组别;也可以不考虑性别因素,但尽量不同组(比如正常组、疾病组)性别比例差别不大。代谢组学与临床指标关联分析一般是将差异物的结果和临床指标信息做相关性热图、相关性网络图、permanova分析等。
 
 
23
 
Q:做完非靶向一定要靶向验证吗?请问差异标志物,是要自己单独买标样是吗?验证的标准是什么?最少验证几个代谢物?靶向和非靶向是用不同的样本,不能用同样的样本?
 
A:做完非靶向最好是进行靶标验证,这样得出的结论更准确,只做非靶检测的话也是可以的,只是目前的话如果只做代谢组学非靶检测发表文章可能只能投一些影响因子比较低的杂志。后续靶标验证的话是需要购买标准品的,当然如果我们标品库里有的话就可以直接使用,不需要采购。靶标验证主要是通过标准品构建标准曲线从而确定样本里是否含有此物质及具体的含量信息,验证物质数量的多少看老师的需求,可以验证一个物质也可以是多个。一般是先做非靶检测找到关注的物质,然后靶标验证,最好是同样的样本。
 
 
24
 
Q:相关分析后需要进行的验证是指分子生物学的验证么?
 
A:多方面的验证,可以包括靶标验证、动物水平和细胞水平的验证、分子验证。
 
 
 
本周,讲座继续
也是2020年阿趣课堂
春季系列讲座的最后两场
 
 

代谢组学

 
 
 
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千万别错过啦
 
代谢组学
 
对了,有很多小伙伴光听讲座不过瘾
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