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干货分享丨代谢组学三个常用网站使用介绍

分类:
阿趣动态
发布时间:
2020/10/22 15:51
浏览量
 
话不多说,直接进入使用实操主题~
 
1
KEGG代谢通路分析
 
手头有一些关注或挑选到的重要差异代谢物质,该如何针对这些物质寻求相关的代谢通路信息呢?
 
分析网站链接:https://www.kegg.jp/kegg/tool/map_pathway2.html
 
首先,进行网站,导入下图箭头所指相关案例数据
 
代谢组学
 
上图箭头所指选取了网站默认提供的Homo sapience pathway数据。小编提醒,这里输入的代谢物质或基因名称格式应为网站对应K/C开头的编号。
 
代谢组学
 
接下来,鼠标左键点击选中相应Exec即可,不要太方便呀~
 
代谢组学
 
从返回的结果中,可以看到生成的代谢通路数量总共11条,同时,每条通路的显示形式为通路编号+代谢通路名称,通路后面小括号里的数字表示当前通路的差异物质/基因数目,如果想要具体知晓哪些物质/基因,则只需点击“Show matched objects”,如下图所示:
 
代谢组学
 
接下来,还可对每一条生成的代谢通路进行理解分析,以Biosynthesis of amino acids为例,鼠标左键点击该通路信息,则有
 
代谢组学
 
 
进一步,点击当前代谢通路图上方对应的Help按钮,可帮助我们针对通路的形成做具体的了解掌握。最后,通过 Image (png) file对通路分析结果图形进行本地下载保存,可千万别忘了哦~
 
Tips:如果要综合多条代谢通路分析的结果,咋办?这里小编推荐一个合并的参考方法,针对那些同时参与多条通路分析的代谢物质,可将它们作为通路间连接合并的桥梁~
 
2
代谢物ID号批量转换查询
 
如何快速方便的找到物质对应的一些常见数据库索引号呢,例如上面提到的kegg通路分析所需的KEGG ID号(以C开头的)?
 
分析网站一链接:https://www.metaboanalyst.ca/MetaboAnalyst/upload/ConvertView.xhtml
 
以网站提供的代谢物名称为例,这里需要注意的是如果物质名称带有古希腊字母信息,类似α、β等需分别用alpha、beta等进行替换。
 
代谢组学
 
接下来,选择对应的输入类型为“Common Name”,点击Submit,进行结果匹配:
 
代谢组学
 
在生成的结果匹配表里,可以看到每个输入物质对应的HMDB、KEGG等数据库编号。同时,针对有黄色标记的模糊匹配到的物质结果,可进一步点击Details栏对应的View进行候选结果查看。
 
代谢组学
 
最后,可点击上图的here链接进行匹配表格结果的保存下载。
 
当然,如果想要批量获取得到物质对应的CAS/ InChIKey等编号,该怎么办呢?
 
分析网站二链接:http://cts.fiehnlab.ucdavis.edu/batch
 
进入网站,左侧输入上面转换得到的KEGG ID号,在右侧分别选择CAS和InChIKey两种生成的编号信息,见下图:
 
代谢组学
 
选择好后,点击Convert,则
 
代谢组学
 
最后,生成的匹配表格进行保存本地下载。
 
代谢组学
 
教完收工~
 
代谢组学
 
 
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干货分享丨代谢组学三个常用网站使用介绍