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样本收集手册 | 植物类样本的收集方法及注意事项

分类:
阿趣动态
发布时间:
2021/04/16 10:29
浏览量
 
各位老师、同学,大家好。今天将要分享的是我们样本收集手册的第五弹——植物类代谢组学样本收集参考步骤。本次,我们将详细介绍植物类样本(叶片、茎、花、根、果实、种子)的收样方法及注意事项。做植物代谢方向的老师可千万不要错过。话不多说,我们干货奉上。
 
1
叶片、茎、花
 
样品量要求: 
GC-MS,LC-MS 实验:200mg/sample。 
顶空 GC-MS 实验:2g/sample。 
 
样本收集步骤:
取整片叶片/一段茎/一朵花,用锡箔纸包裹并标记后,迅速放入液氮中冷冻处理至少 15min。取出后迅速放入自封袋中(每组一袋),在自封袋中放入标签纸注明样本信息。迅速放入-80℃冰箱冻存。足量干冰寄送。 
 
注意事项:
1. 采集叶片样本时,最好在中午光照好的时间收集。 
2. 要根据实验设计,采集样本时保持样本一致性,尤其是同一组样本(颜色、衰老程度、叶脉占比、光照、位置等)。 
3. 由于锡箔纸上 marker 笔标记容易模糊,所以需要在自封袋中放入标签纸注明。
 
2
 
样品量要求:
GC-MS,LC-MS 实验:500mg/sample。 
顶空 GC-MS 实验:3g/sample。 
 
样本收集步骤:
1. 取整株植物的根部,迅速用 1×PBS 漂洗掉根上的泥土。
2. 根据具体实验设计取植株根特定的部位,500 mg/sample 装入离心管中。 
3. 标号后迅速放入液氮中冷冻处理至少 15min。 
4. -80 度冻存;足量干冰寄送。
 
注意事项:
1. PBS 漂洗时间要尽快。
2. 由于根部组织特别脆弱,被挤压后会变成浆糊状,所以推荐保存至离心管中,而不是锡箔纸包裹。 
 
3
果实、种子
 
样品量要求:
GC-MS,LC-MS 实验:200~500mg/sample。 
顶空 GC-MS 实验:3g/sample。 
 
样本收集步骤:
1. 对于含多汁、块头较大的果实(番茄、西瓜、苹果等)需要先用锋利的刀分割成“均匀”合适的小块(≈200 mg/sample)分装至 2mL 离心管中,标号后迅速放入液氮中冷冻处理至少 15min。
2. 对于细小的颗粒种子(拟南芥种子、谷物种子等),可以先将同一组的植株种子混匀后再分装(≈200 mg/sample)至 1.5mL 离心管中。标号后迅速放入液氮中冷冻处理至少 15min。
3. 对于要求对整个果实进行提取的(整粒葡萄等),需要把果实装在 50mL 离心管中/自封袋中,标号后(同时放入自封袋中标签纸,注明样本信息)迅速放入液氮中冷冻处理至少 15min。 
 
注意事项:
对多汁的果实进行取样很难保持均一性(如番茄,皮、果肉、果瓤、籽的占比), 强烈建议将整个果实进行研磨、冻干,对粉末进行称重分装。
 
收集方法参考文献:
[1] De Vos R C, Moco S, Lommen A, et al. Untargeted large-scale plant metabolomics using liquid chromatography coupled to mass spectrometry.[J]. Nature Protocols, 2007, 2(4):778-791.
[2] Kim H K, Choi Y H, Verpoorte R. NMR-based metabolomic analysis of plants[J]. Nature Protocols, 2010, 5(3):536-49.
 
最后附上我们公司协助客户发表的植物样本部分文献,以便各位老师、同学在设计课题、文章撰写等环节可参阅和引用。
 
1. 南京农业大学:Yuan J, Zhao J, Wen T,et al.Root exudates drive the soil-borne legacy of aboveground pathogen infection. Microbiome 2018 Sep 12;6(1). IF=9.133
 
2. 天津科技大学:Yuqian Liu, Jinguang Liu, Rui Wang, et al. Analysis of secondary metabolites induced by yellowing process for understanding rice yellowing mechanism. Food Chemistry 2020 September 23. IF=6.306
 
3. 河北师范大学:Lulu Kong, Jingze Liu, Qian Han, Qixing Zhou, Junliang He. Integrating metabolomics and physiological analysis to investigate the toxicological mechanisms of sewage sludge-derived biochars to wheat. Ecotoxicology and Environmental Safety 185 (2019) 109664. IF= 4.527
 
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