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蛋白质组学 | 生物样本收集的这些小知识您都get到了吗? (下)

分类:
阿趣动态
发布时间:
2021/05/12 14:35
浏览量
 
蛋白组学样本多样化:
 
2001年2月国际人类蛋白质组组织(HUPO)正式成立;自成立后,推出了HUMAN PROTEOME PROJECT( HPP ):为诊断、预后、治疗和预防医学应用的发展奠定基础;继HPP之后,2010年推出了Initiative on Model Organism Proteomes( IMOP):更好地支持旨在改善人类健康和加深人类生物学知识的蛋白质组研究。
 
随着HPP和IMOP项目的推出,蛋白组学研究的的样本类型越来越多,在上篇中我们对组织和生物体液进行的研究,本篇将对介绍培养的细胞、植物、微生物等样本的收集方法以及小知识。
 
蛋白质组学
不同因素对人类生物学的重要性图示[1]
 
1
培养细胞篇
 
1.悬浮细胞收样步骤
 
1. 细胞连同培养基转移到15 mL 离心管中;
2. 4℃,1000 ×g离心10 min收集细胞(1×107个细胞为宜),弃上清;
3. 收集的细胞用10 ml 预冷的PBS洗3次;
4. 1 ml PBS重悬细胞后转移到新的1.5 ml离心管中;
5. 4℃,1000 ×g离心10 min收集细胞,尽可能将上清去除干净;
6. 保证细胞沉淀体积在50 μL以上,用适量PBS重悬;
7. 液氮速冻5 min,保存于-80℃。
 
悬浮细胞样本量要求:1*107 cell /sample
 
代谢组学
 
2.贴壁细胞收样步骤
 
1.每株细胞系培养至90%的浓度,用移液器吸除培养基;
2.加入预热灭菌的1×PBS(10 cm2的培养皿,2.5 ml)(若用移液枪加,则靠着培养皿壁加入,以免将细胞冲起),平放轻轻摇动1分钟洗涤细胞,然后弃PBS ;
3. (3,4二选一) 用干净的细胞刮棒将细胞刮于培养皿的一侧(动作要快)将细胞尽量全部转移至离心管中;(二选一)
4. (3,4二选一)在10 cm2培养皿加入2 ml(根据皿大小按比例添加)0.25 % Trypsin,37°C孵育5 min,再加入3 mL(根据皿大小按比例添加)预热培养液,并将每个细胞混合物收集在15 mL离心管中,500 ×g 离心5 min。沉淀细胞,去掉上清液。用无菌1×PBS 清洗细胞颗粒一次;
5. 液氮速冻5 min,保存于-80 ℃。
 
贴壁细胞样本量要求:: 1*107 cell /sample
 
代谢组学
 
代谢组学
 
代谢组学
 
2
植物篇
 
1.植物样本收样步骤
 
植物树根、树皮、树枝,草本植物、藻类、蕨类,还是茎、叶、花细小种子(如谷物等)等,收集方法如下:
 
1. 均采用PBS清洗样品表面泥土或明显污染物,吸水纸吸去表面液体;
2. 液氮速冻5 min,保存于-80℃。
 
植物样本量需求:
根:10 g  
茎叶:5 g  
花:1 g  
种子:1 g   
 
代谢组学
 
蛋白质组学
 
蛋白质组学
 
2.鲜果肉等收样步骤
 
1. 切取鲜果肉,去皮切成 1 cm3左右小块;
2. 液氮速冻5 min,保存于-80℃。
 
鲜果肉要求:果肉100 g/sample
 
3
微生物篇
 
微生物样本收样步骤
 
1. 测细菌 OD (Mid-log 期),计算 1*107 个菌体所需要的培养液体积;
2. 快速收集细菌培养液,并迅速在 4℃条件下离心(5000 g,10 min)使细菌与培养液分离;
3. (推荐)用0.9%、4°C的NaCl重新悬浮并清洗细胞;
4. 4℃条件下离心 ,5000 g,10 min,离心机收集细胞颗粒;
5. 液氮速冻5 min;
6. 保存于-80℃。
 
蛋白质组学
 
微生物细胞样本量要求:107/sample
 
4
其他篇
 
1.细胞上清收集方法
 
1. 在收集前改用不完全培养基培养,即用不加血清的培养基进行培养;
2. 待细胞铺满80%左右,用移液枪吸取上清;
3. 过滤上清液 (如:0.22 μm滤膜)以去除细胞;
4. 采用冷冻干燥浓缩法进行浓缩:致终体积为5 ml以内;
5. 液氮速冻5 min,保存于-80℃。
 
细胞上清样本量要求:
根据蛋白量TMT:100ug以上;
Label free :50ug以上。
 
2.蛋白溶液保存方法
 

蛋白质组学

 
 
友情提示:以上样本量需求仅针对的是常规蛋白组学实验,如:TMT、Label Free 、DIA等,若需要做修饰蛋白组学,则需要增加3~10倍不等的用量。
 
蛋白组学部分客户文章:
[1]Huang Xinyue,Yi Shenglan,Hu Jianping et al. Analysis of the role of palmitoleic acid in acute anterior uveitis.[J] .Int Immunopharmacol, 2020, 84: 106552.( 人CD14细胞)
[2]Wang Xiaojie,Li Li,Zhang Genyi,A proteomic study on the protective effect of kaempferol pretreatment against deoxynivalenol-induced intestinal barrier dysfunction in a Caco-2 cell model.[J] .Food Funct, 2020, 11: 7266-7279.( 人细胞)
[3]Liu Yiwei,Xing Junyue,Li Yongnan et al. Chronic hypoxia-induced  Cirbp hypermethylation attenuates hypothermic cardioprotection via down-regulation of ubiquinone biosynthesis.[J] .Sci Transl Med, 2019, 11: undefined.( 大鼠心脏组织)
[4]Cao Qian,Zhou Dan-Jie,Pan Zheng-Yin et al. CAIXplatins: highly potent Pt(IV) prodrugs selectively against hypoxic tumors via microenvironment and metabolism regulation.[J] .Angew Chem Int Ed Engl, 2020, undefined: undefined.(人细胞)
[5]Liu Danyi,Zhang Lili,Wang Yucong et al. Effect of high hydrostatic pressure on solubility and conformation changes of soybean protein isolate glycated with flaxseed gum.[J] .Food Chem, 2020, 333: 127530.(大豆粉末)
[6]Nie Wen,Zhou Kai,Wang Ying et al. Isolation and identification of bioactive peptides from Xuanwei ham that rescue oxidative stress damage induced by alcohol in HHL-5 hepatocytes.[J] .Food Funct, 2020, 11: 9710-9720. ( 猪多肽溶液) 
[7]Deng Xiangyu,Du Bin,Zhu Fengmei et al. Proteomic analysis of Aspergillus niger 3.316 under heat stress.[J] .Microbiologyopen, 2020, 9: e1012.(黑曲霉真菌)
 
参考文献:
[1] Tholey Andreas,Taylor Nicolas L,Heazlewood Joshua L et al. We Are Not Alone: The iMOP Initiative and Its Roles in a Biology- and Disease-Driven Human Proteome Project.[J] .J Proteome Res, 2017, 16: 4273-4280.
[2] Edwards Amanda,Haas Wilhelm,Multiplexed Quantitative Proteomics for High-Throughput Comprehensive Proteome Comparisons of Human Cell Lines.[J] .Methods Mol Biol, 2016, 1394: 1-13.
[3] Martínez-Martín David,Fläschner Gotthold,Gaub Benjamin et al. Inertial picobalance reveals fast mass fluctuations in mammalian cells.[J] .Nature, 2017, 550: 500-505
[4] 宋葆华, 李法曾, 贺新强,等. 107种植物叶蛋白产量及其蛋白质含量比较[J]. 植物资源与环境, 1999, 000(004):52-54.
[5]Barreiro Carlos,Morales Alejandro,Vázquez-Iglesias Inés et al. Intra- and Extra-cellular Proteome Analyses of Steroid-Producer Mycobacteria.[J] .Methods Mol Biol, 2017, 1645: 73-92.
 
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