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生信分析 | 解锁Venn图画法

分类:
阿趣动态
发布时间:
2021/10/20 15:41
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Venn图,又称韦恩图或文氏图,韦恩图用于展示在不同的事物群组(集合)之间的数学或逻辑联系,尤其适合用来表示集合(或)类之间的“大致关系”,它也常常被用来帮助推导(或理解推导过程)关于集合运算(或类运算)的一些规律。是一种用于直观表示元素集合重叠的一种图形。接下来和大家分享一下韦恩图的制作方法。

 

1.在线Venn图的解锁

(1)jvennhttp://jvenn.toulouse.inra.fr/app/example.html

第一步(界面打开链接是这样的。

第二步:(数据输入)左侧输入数据,这里也可以导入文件,输入文件为文本文档。在输入对应组合名时,组合名不能超过11个字符。

第三步:(释义与数据导出)在上图红框中输入数据,即可得到两个数据集的交集基因,如不需要柱状图,可通过将下图红框中设置为"NO",同时通过点击黄框中的英文即可得到图像及相应的文件。

(2)Draw Venn Diagramhttp://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/Venn/

第一步:(界面)打开首页是这样的。

第二步:(数据输入)左侧输入数据,这里既可以导入文件,也可以直接输入组合的列表,如果输入框不够,可以点击"Add"添加新的输入框。右侧可填写对应组合的名称。

第三步:(数据导出)上传数据,命名好组名并点击"Submit",即可得到结果。最后,就是下载结果。

 

在线Venn图小结

jvenn和Draw Venn Diagram两个Venn图网站各有优缺点。jvenn只能画少于6组的Venn图且会限制组名的长度,Draw Venn Diagram能够画大于6组的图像。

 

2、R语言代码Venn图的解锁

(1)首先展示一个使用R的VennDiagram包绘制常规韦恩图的方法,该包适用于2<=样本数<=5的情形。通常韦恩图所展示的样本数量不会超过5,因为当样本数量大于5时,绘图结果将难以观测。因此对于VennDiagram包来讲,它所支持的样本数量也是最多为5个。其实不止R的VennDiagram包,其它可绘制韦恩图的R包或除R外的其它绘图工具等,一般也不支持样本数大于5个的情形。

第一步:Venn图数据整理

第二步:Venn包加载及画图函数参数设置

结果展示:

 

(2)面对多于5个样本的数据,大家可以使用叫"venn"的R包,它最多可支持7个样本的韦恩图。

第一步:Venn图数据整理

第二步:Venn包加载及画图函数参数设置

结果展示:

Veen图数据下载链接:

https://pan.baidu.com/s/1eVfBudXRVX6QRvEjHUmy2A

提取码:hwzt

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