1. 我们常看到TIC、EIC，这两个分别是什么？
·总离子流图（Total Ion Current，TIC）:
经色谱分离流出的组分不断进入质谱，质谱连续扫描进行数据采集，每一次扫描得到一张质谱图，将每一张质谱图中所有离子强度相加，得到一个总的离子流强度。然后以离子强度为纵坐标，时间为横坐标绘制的图为总离子色谱图。
·提取离子流图（Extracted Ion Chromatography，EIC）:
在一系列质谱数据中选择特定的一个或几个m/z，绘制其信号强度随保留时间变化的色谱图。
2. 为什么不推荐在总离子流图上标物质？
其实主要是因为不美观，而且TIC图上的一个峰并不代表一个物质，一般做靶标的时候会在TIC图上标注物质。
3. 那么如何从TIC图中找到我关注物质的那个峰呢？
结合保留时间和m/z值寻找。不过一般不建议从TIC图中查找，TIC图中一个峰实际上是有很多peak重合在一起的。
4. 非靶向代谢中为什么某个物质明明在这个样本中占很大比重而实际结果却远低于这个比重？
这个由于结果是相对含量的信息。代谢物在仪器中的响应与其结构有关系，相对含量与在样本中的权重不是对应关系。通常我们对定性出来的代谢物只做横向样本间的对比，而不做纵向的比较。
5. 为什么使用GC-MS检测样品，却很少检测到挥发性的物质？
这个让小编跟你娓娓道来~分为三点解释：
1. 生物样本经过提取液和样本本身会有水分，而色谱柱不能碰水，衍生化试剂遇水会先和水反应。所以在代谢物衍生化前有干燥样本的处理。这一处理客观上会造成挥发性物质的损失。
2. 有的物质是不容易挥发的，那样的话，样本就要经过衍生化。衍生化的作用是使不稳定的化合物更稳定，不容易挥发的物质在GC里更容易挥发汽化。所以，一般非靶的GC-MS对生物样本进行代谢物检测，衍生化是必需的。
3. 如果关注挥发性的物质，需要选择“顶空进样或者固相微萃取（对于含量低的物质有富集作用）利用GC-MS检测”这样一个特殊的方案。
6. 植物次生代谢产物的检测（萃取方法、检测平台和数据库）有什么特别之处吗？
植物次生代谢物检测与代谢组学检测方法、平台基本上是一样的。
不过一般的代谢数据库中次生代谢物含量较少，有单独的植物数据库是最好的，并且用GC检测得到的次生代谢物会很少，建议用LC平台进行检测。
7. 那么为什么有的物质正离子模式下存在，负离子模式下不存在？
其实这和分析物的性质是有关系的。
有的物质容易带正电荷，有的物质容易带负电荷。
比如说碱性化合物易带正电荷，加和质子或其他正电荷离子；酸性化合物易带负电荷，失去质子或加和其他负电荷离子。
8. 那么这样说的话，同一物质为什么正负离子模式下分子量差别那么大？
这个是因为在不同的模式下，物质被检测到的是加合物的形式（经过离子源的时候，带有一定电荷、具有一定质量的离子基团螯合到分析物上），最终得到的结果里是mz（质荷比），这是加合物的质荷比信息，与分析物的质荷比是有一定差异的。
如果正负离子模式下的同一物质分子量差别较大的话，这一现象是能够反应出检测到的加合物的形式不同，那么主要原因是可以归结为在不同模式下所带的基团不同。
9. 之前就想问问物质定性结果中的指标ppm值为负值代表什么意思？
敲黑板~这里的ppm（一种百万分之一的质量单位）指的是分析物的质量与HMDB（以及KEGG）数据库的里收录的物质质量之间的差值。
一般是认为这个质量误差如果在正负25 ppm范围内，就算匹配上了，表示定性结果准确性较高，我们就会把所有匹配上的结果提供出来，显示在MS1 HMDB和MS1 KEGG列中。
10. 关于峰面积，其单位是多少啊？
峰面积值则是类似于峰强度这样的值，所以是没有任何单位，代表检测到的物质的相对含量。
11. 那么峰面积是如何计算的呢？
这个是根据提取离子流图进行积分的，是仪器自动读取的。
12. 一级和二级质谱的区别？
一般一级和二级都会进行匹配。
一级主要是通过MASS值进行匹配；二级主要是通过结构谱进行匹配。
二级谱匹配到的结果准确度更高，一般是二级匹配到结果的话，以二级结果为准，基本上不看一级结果了，因为一级匹配到物质会有很多结构相似的物质，结果可靠性不高，如果二级匹配不到，可以用一级结果作参考。
一级是母离子 ，单个母离子不能定性，除非是做靶标有标品确认。
