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中药产品升级 | 新冠肺炎COVID-19跟网络药理学有什么关系???

分类:
阿趣动态
发布时间:
2020/09/11 11:26
浏览量
 
01
中药代谢组学
对于药用植物来说最重要的指标:活性成分的治疗靶点!!网络药理学结合疾病代谢组学/蛋白组学发现潜在作用靶点。
中药代谢
 
02
什么是网络药理学?
网络药理学具有「多基因、多靶点」的特点,在复杂疾病发病机制及治疗靶标的研究方面具有重要的应用价值。
 
把网络药理学当做筛选靶基因、通路的手段,再结合分子生物学、细胞生物学的技术加以验证,这类文章可以冲一冲 3-10 分的 SCI 期刊。
 
03
网络药理学简单的研究步骤
1 . 数据库/平台与软件
(1)中药系统药理学数据库和分析平台 TCMSP
网址:http://tcmspw.com/tcmsp.php
(2)ChEMBL
网址:https://www.ebi.ac.uk/chembl/
(3)DAVID
网址:https://david.ncifcrf.gov/
(4)STRING
网址:https://string-db.org/
 
2. 化学成分及靶点的获取
(1)将实验检测结果或者TCMSP中获得代谢物从ChEMBL数据库中获得代谢物作用靶点。
(2)TTD数据库中获得疾病治疗靶点。
 
3. 靶点蛋白的PPI网络构建分析
(1)将收集到的药物靶点信息与疾病靶点进行比对分析,总结出二者之间相交集的靶点基因。
(2)将靶点蛋白查询STRING数据库Homo sapiens (human)中的蛋白相互作用关系,构建靶点蛋白的网络互作图。
中药代谢
靶蛋白互作网络
 
4. 代谢物作用靶点及疾病治疗靶点GO富集分析
将基因向Gene Ontology数据库的各节点映射,并利用GO进行功能富集性分析。筛选具有显著性差异的生物功能及过程。
中药代谢
GO气泡图
中药代谢
GO柱状图
 
5. 代谢物作用靶点及疾病治疗靶点的KEGG Pathway分析
对结果利用KEGG网站搜索Homo sapiens (human)数据库提供的绘图模块进行靶点蛋白渲染,分析中药有效成分通过影响哪些通路来治疗疾病。
中药代谢
KEGG气泡图
中药代谢
KEGG柱状图
 
6. 代谢物-靶点-通路的网络构建分析
代谢物-靶点-通路的网络构建分析同靶点蛋白的网络构建分析,绘制药物有效活性成分靶点蛋白节点关系、靶点蛋白与通路节点关系。
中药代谢
成分-靶点-KEGG通路网络图
中药代谢
成分-靶点-GO网络图
 
04
BIOTREE中药代谢组学研究方案
 
BIOTREE提供整套的中药代谢组学研究方案,完善的数据库助力您精准地发现药物成分,新增网络药理学分析助您预测可能的疾病作用靶点。
中药代谢
中药非靶研究策略图
 
BIOTREE中药数据库3000中药对照品自建库=物质鉴定准确;
5万中药物质数据库=物质鉴定全面;
特定物种搜库=低假阳性率;
DIY数据库=发现新物质。
 
有需要BIOTREE中药代谢组学服务的老师,欢迎在文末留言或者垂询服务热线:400-664-9912。
 
05
案例分析
 
文献ID:Potential compound from herbal food of rhizoma polygonati for treatment of COVID-19 analyzed by network pharmacology and molecular docking technology
发表期刊:Journal of Functional Foods
发表日期:2020-08-03
影响因子:3.7
关键词:网络药理学;黄精;新冠状病毒肺炎;COVID-19
 
黄精(huangjing)是药食同源用作替代医学治疗COVID-19的组分,但其治疗机制尚不清楚。作者利用TCMSP和Swiss靶标预测数据库对主要化学成分的潜在靶标进行整理,利用GenCLiP3、NCBI和GeneCard数据库搜索COVID-19相关靶标,分析化学靶标通路网络。每个组分与宿主细胞靶血管紧张素转换酶II、SARS-CoV-2靶蛋白、RNA依赖的RNA聚合酶或3CL水解酶分子连接。结果显示,与其他测试的化合物相比,化合物(+)-Syringaresinol-O-beta-D-glucoside与三个SARS-CoV-2蛋白的结合亲和力更高,表明黄精中潜在的化合物可能作用于不同的靶点,在治疗COVID-19方面具有很大的潜力。
中药代谢
文献下载:
链接:https://pan.baidu.com/s/1l44s-p580nTuOzJBfWxgrQ
提取码:vibe
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