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十周年•分析升级 | 一站式个性化解决方案,多组学助力前沿分析!

分类:
阿趣动态
发布时间:
2022/03/10 11:41
浏览量

01 多组学研究常投杂志影响因子大幅提升

目前随着国际上杂志影响因子计算在2021年7月启用新的算法,大部分杂志的影响因子出现了极其显著的变化,根据新算法JIF分母不包括Early Access,被引总数里面加上了Early Access内容的引用,大部分杂志都出现了影响因子增长的情况,看一下iNature编辑部和MedReading提供的实时影响因子(1月)的预估情况(仅供参考),如下图1所示:

图1. 实时影响因子

#SCI新发现

01Nature 及子刊

除了少数几个杂志影响因子变化幅度比较大( Nature上涨14分 , Nature Medicine上涨23分, Nature Biotechnology上涨9分,Nature Methods上涨16分,Nature Microbiology上涨9分,Nature Metabolism上涨6分 ),其他杂志影响因子比较稳定

02Science 及子刊

除了Science上涨10分及Science Immunology上涨12分杂志以外,其他几个杂志的影响因子变化幅度不大

03Cell 及子刊

除了少数几个杂志影响因子变化幅度比较大(如Cell上涨22分,Immunity上涨11分, Cancer Cell 上涨6分及Cell Host & Microbe上涨8分 ),其他杂志影响因子比较稳定

04国产期刊

发现Cell Research影响因子预计能突破40,Signal Transduction and Targeted TherapyCell Discovery预计能过30;Molecular Plant预计能过20,这可能是所有植物非综述类杂志影响因子最高的杂志;Cell Discovery从去年的影响因子跃升到30以上,变化幅度最大,部分国产杂志发表了过多的综述以及Letter类的文章,相比于其他杂志,还有进一步提升的空间。

 

02 多组学助力临床研究冲刺高分文章需要考虑的多种干扰因素

期刊杂志影响因子的快速变化,对课题设计的要求和目标杂志投稿选择都会产生重要的影响。因此,后续临床多组学研究进行100-10000多例的样本检测是大势所趋[1-13]。临床研究涉及到的人群会受到多种因素的干扰,比如性别、年龄、BMI、吸烟、饮酒、用药等多种因素,如果前期实验设计没有考虑过相关因素,样本入组未进行匹配,对后续任何组学(如基因组学、转录组、宏基因组、蛋白组、代谢组等)的研究结果都会产生严重影响,甚至会错误地将假阳性结果进行后续的深入研究,从而导致时间和精力的浪费。所以,除了前期课题设计要把多种干扰因素考虑进去排除不合格样本,例如社会人口学变量(年龄、种族、性别、教育)、健康行为(体育锻炼、饮食、吸烟、用药)及临床协变量(BMI、糖尿病、高血压)等,在后续的多组学研究中,要对这些因素进行校正分析,验证Case-Control组间的真实差异,以及多组学检测分析结果的真实差异性。

因此,BIOTREE多组学研究中心结合10多年研究经验,为各位老师提供更可靠的多组学检测分析结果,从下机数据→标志物初筛→标志物与临床指标严格筛选→标志物panel优化→疾病风险评估与临床应用一站式解决方案,多组学研究的任一环节均可使用此解决方案,例如基因表达转录本、肠道微生态(细菌、真菌、古菌、病毒等)、蛋白质、代谢物等,详询BIOTREE销售工程师。

图2. 一站式解决方案

 

0前沿多组学分析模型和可视化示例

BIOTREE多组学研究中心为助力各位老师深入挖掘多组学数据,专门研发了多种个性化分析,以下做部分例图展示:

5D云图:

对二维LC-MS色谱质谱信息和差异代谢物统计信息进行升级,形成5D维度可视化,通过将代谢物的色谱质谱信息维度和差异维度进行多元可视化结合展示;

 

图3. 5D LC-MS总离子流图


潜在生物标记物panel筛选模型:

为了筛选与临床疾病关联密切以及未来可能能够用于辅助临床疾病诊断的潜在生物标记物,我们通过机器学习等人工智能算法筛选潜在生物标记物组合,并评估潜在生物标记物组合对患病风险的预测诊断能力,结合目前已有的临床标记物进行优化;

图4. 潜在生物标记物panel筛选模型


组学关联分析:

为探索研究患者组与对照组中肠道菌群间相互作用的变化,左图为对照组、右图为冠状动脉粥样硬化患者组的肠道菌群共表达丰度图,发现相对对照组,冠状动脉粥样硬化患者组有三个簇的微生物之间的关联出现了显著增强。

图5. 组学关联分析

 

BIOTREE多组学研究中心团队

BIOTREE 多组学研究中心团队成员在代谢组学、肠道微生态、转录组、蛋白质组、跨组学大数据挖掘和机器学习算法等跨组学研究领域拥有10年以上的专业积累,目前主要从事多组学与复杂疾病的转化医学研究。曾参与多项国家自然基金、国家科技部973、载人航天工程等重大项目,如《绿航星际4人180天受控生态生保系统集成试验》。

多组学研究中心团队已发表文章10+篇,合作文章曾发表在Nature Medicine、Science、Gut、Nature Communications 等国际知名期刊上,研究成果分别被NatureScienceNature Reviews EndocrinologyNature Reviews Cardiology等多家国际顶尖杂志评论,论文总影响因子IF>150+,共被引用>1500+次;曾参编完成“十三五”规划教材1部(3册,科学出版社),“绿航星际”项目成果入选《2020-2021学年高一新教材地理必修第一册》“第一章:宇宙中的地球”(人民教育出版社)、《飞舟日记-“太空180试验”》(高等教育出版社);已获授权国际PCT专利4项,已获授权国内专利2项,并曾获得2项国际基因工程机械大赛金奖。

参考文献:

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[3] Wu P, etal. The trans-omics landscape of COVID-19. Nat Commun. 2021 Jul 27;12(1):4543. doi: 10.1038/s41467-021-24482-1.

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[6] Xiao Y, etal. Comprehensive metabolomics expands precision medicine for triple-negative breast cancer. Cell Res. 2022 Feb 1. doi: 10.1038/s41422-022-00614-0.

[7] Adam MG, etal. Identification and validation of a multivariable prediction model based on blood plasma and serum metabolomics for the distinction of chronic pancreatitis subjects from non-pancreas disease control subjects. Gut. 2021 Nov;70(11):2150-2158. doi: 10.1136/gutjnl-2020-320723.

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[9] Hoyles L, etal. Molecular phenomics and metagenomics of hepatic steatosis in non-diabetic obese women. Nat Med. 2018 Jul;24(7):1070-1080. doi: 10.1038/s41591-018-0061-3.

[10] van Laarhoven A, etal. Cerebral tryptophan metabolism and outcome of tuberculous meningitis: an observational cohort study. Lancet Infect Dis. 2018 May;18(5):526-535. doi: 10.1016/S1473-3099(18)30053-7.

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[13] Jie Z, etal. The gut microbiome in atherosclerotic cardiovascular disease. Nat Commun. 2017 Oct 10;8(1):845. doi: 10.1038/s41467-017-00900-1. 

 

文献下载链接:

https://pan.baidu.com/s/1OIrqdE4ZhTlQTabn3-oKpg

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