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技术介绍 | Label free非标记定量蛋白质组研究

分类:
阿趣动态
发布时间:
2022/03/15 14:36
浏览量

定量蛋白质组学是利用质谱平台检测样品中蛋白相对含量的分析化学技术,非标(Label free)蛋白质组定量技术是一种不依赖于同位素标记的蛋白质定量技术,该技术通过液质联用对蛋白质酶解肽段进行检测,分析大规模鉴定蛋白质时所产生的质谱数据,对被检测到的离子峰强度进行积分,以积分面积进行相对定量。

 

技术优势

  • 无需标记,最大程度的保留样本的真实性;

  • 处理步骤简单,成本低;

  • 不受标签数量的限制,多个样本可以同时进行蛋白定量分析。

 

Label free 技术研究流程

 

 

技术参数

  • 样本要求

动物及临床组织标本 100 mg/sample

血清、血浆 200μL/sample

细胞 、微生物 1×107 cells/sample

植物嫩叶、嫩芽 500mg/sample

植物种子、果实 100g/sample

  • 储存和运输

液氮或-80℃保存;足量干冰运输,避免反复冻融。

  • 检测平台:

QE-HFX(Thermo Scientific)

 

应用方向

  • 临床生物学及药理学应用方向

    生物疾病标志物研究;生物疾病发生发展过程分子机制研究;化学或生物药物作用靶点研究;化学或生物药物作用机理信号转导研究。

  • 农林业等应用方向

    畜牧业领域:提高肉类品质和饲养条件;农业领域:农作物发育机制的研究;食品科学领域:提高食品安全,改善口感和营养程度的研究;病毒领域:新型病毒抑制因子的挖掘研究。

 

案例分享

标题:上皮蛋白质组分析显示干扰素诱导蛋白在过敏性鼻炎患者中的重要作用

季节过敏性鼻炎(SAR)是由间歇性接触季节性花粉会引起鼻痒充血,反复打喷嚏,影响生活质量、工作效率和学习成绩。与过敏性鼻炎发病相关的分子基础还不完全清楚。本文作者对29例SAR患者和31例对照组花粉季节期间和之后的受试者进行了样本收集,采用label free非标定量蛋白组方法进行了蛋白组研究,通过差异蛋白富集、pathway等生信分析以及WB验证,最终确定了1型干扰素调节蛋白作为SAR患者的生物标志物,可能在其发病机制中发挥重要作用。此外,与SAR患者相比,健康受试者表现出跨季节的拮抗性蛋白质组反应,这可能会成为疾病预防的治疗靶点。 

研究路线

生信分析:

部分应用文献:

[1] Ndika Joseph,Airaksinen Liisa,Suojalehto Hille et al. Epithelial proteome profiling suggests the essential role of interferon-inducible proteins in patients with allergic rhinitis.[J] .J. Allergy Clin. Immunol., 2017, 140: 1288-1298.[2] de Boer Bauke,Prick Janine,Pruis Maurien G et al. Prospective Isolation and Characterization of Genetically and Functionally Distinct AML Subclones.[J] .Cancer Cell, 2018, 34: 674-689.e8.

[3] Eckert Mark A,Coscia Fabian,Chryplewicz Agnieszka et al. Proteomics reveals NNMT as a master metabolic regulator of cancer-associated fibroblasts.[J] .Nature, 2019, 569: 723-728.

[4] Hammond Michael J,Nenarokova Anna,Butenko Anzhelika et al. A Uniquely Complex Mitochondrial Proteome from Euglena gracilis.[J] .Mol. Biol. Evol., 2020, 37: 2173-2191.

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