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PRM靶向蛋白质组学
产品简介产品简介

平行反应监测(parallel Reaction Monitoring, PRM) 是一种与 MRM 技术类似的靶向检测方法,两者不同之处在于 PRM 使用高分辨的质谱仪 (Q Orbitrap/Q TOF),能显著降低背景杂质干扰,提高检测的选择性和特异性。能够对目标蛋白质、目标肽段(或发生翻译后修饰的肽段)进行选择性检测,从而实现对目标蛋白质/肽段进行相对(绝对)定量。PRM技术基于Orbitrap为代表的高分辨、高精度质谱平台,首先利用四级杆质量分析器的选择能力,用Q1选择目标肽段的母离子,随后在collision cell 中对母离子进行碎裂, 最后利用Orbitrap分析器在二级质谱中检测所选择的母离子窗口内的所有碎片信息。这样即可对复杂样本中的目标蛋白质/肽段进行准确地特异性分析,可实现相对定量(目的同WB)/ 绝对定量(目的同Elisa)分析。

应用方向应用方向
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    验证修饰和非修饰定量蛋白组学结果
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    目标蛋白/肽段相对定量和绝对定量分析
技术流程

技术流程

技术参数

产品类型

PRM靶向定量蛋白组

仪器平台

Orbitrap 系列(Q Exactive HFX, Thermo/Orbitrap Exploris 240, Thermo 等)

搜库软件

Proteome Discoverer / MaxQuant/Skyline

样本要求

动物组织标本100 mg/sample
血清、血浆200 μL/sample
细胞、微生物1×107 cells/sample

液氮或-80°C保存

足量干冰运输,避免反复冻融

技术对比技术对比

PRM

抗体依赖:无需抗体,可直接对样本中目标蛋白质进行定量分析
特异性:高,靶向检测目标蛋白对应的肽段
准确度:高,相对定量/绝对定量
可靠性:高,可同时分析蛋白上数个unique肽段
灵敏度:1 attomol
通量:高,一次检测多个蛋白(100条肽段)

Western Blot/ELISA

抗体依赖:对抗体有依赖性,如无成品抗体需要定制
异性:难以把控,受限于抗体的特异性
准确度:WB“灰度值,相对定量”;ELISA“绝对定量,受限于抗体特异性”
可靠性:低,单抗只针对一个抗原表位进行检测
灵敏度:高,0.1 attomol
通量:低,一次只能检测一个蛋白

医学案例分析医学方向—案例分析

Identification of a Blood-Based Protein Biomarker Panel for Lung Cancer Detection

期刊:Cancers
影响因子:6.126
技术方法:PRM 技术
研究内容

肺癌是世界上最致命的癌症,主要是由于它在诊断时处于晚期。非侵入性的早期检测方法仍然是提高患者生存率的必要手段。本文采用液相色谱-平行反应监测(LC-PRM)质谱法测定128例肺癌患者和93例健康献血者血浆中351种蛋白质的水平,通过生信分析寻找最佳蛋白组合用于预测。确定了血浆中6个蛋白质作为肺癌的潜在诊断工具,并在48名患者和49名健康志愿者中得到验证。作为高风险和中等风险人群的常规检查,它可以补充目前在肺癌筛查中采用的技术。

PRM靶向蛋白质组学

农学案例分析农学方向—案例分析

Divergent responses of Atlantic coastal and oceanic Synechococcus to iron limitation

期刊:Proc Natl Acad Sci U S A
影响因子:9.412
技术方法:Label free蛋白质、PRM靶向蛋白组
研究内容

海洋聚球藻是种类最丰富、分布最广的浮游植物之一,而铁(Fe)是一种重要的微量营养素,限制了海洋许多地区的生产力。为了研究沿海和海洋大西洋聚球藻菌株如何适应铁的有效性,我们比较了来自不同铁环境的两个聚球藻菌株的生长、光生理学和定量蛋白质组学。聚球藻菌株WH8102来自马尾藻海南部的一个区域,该区域有大量的灰尘沉积,随着铁含量的下降,其生长和光生理学表现出受损,但很少使用驯化反应。来自动态、季节性变化的新英格兰大陆架的沿海WH8020显示了具有不同铁阈值的多层次、分级的适应反应级联。多层次的反应包括铁的获取、储存和光合蛋白质的变化,黄氧毒素替代铁氧还蛋白,以及改良的光生理学,同时在一定范围内保持显著稳定的生长速率。

技术路线

PRM靶向蛋白质组学

研究成果


PRM靶向蛋白质组学



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