简要介绍铁死亡与FerrDB数据库
铁死亡(Ferroptosis)是近年发现的一种铁依赖的新型细胞死亡方式，其特征是脂质过氧化物和活性氧的过量蓄积。大量研究表明，铁死亡与多种疾病密切相关。铁死亡的过程很复杂，由多种代谢物和生物分子参与，也有一些特征基因发生变化。现如今铁死亡已成为继m6A、自噬、肠道微生物、肿瘤免疫等明星研究的又一大热点。面对这样一个新课题不知从何入手？FerrDb数据库助你轻松入门铁死亡研究热点，达到事半功倍的效果！
FerrDB数据库(http://www.zhounan.org/ferrdb/current/)于2020年1月份发布，目前更新至2.0版本，数据库发布时整合了Pubmed中784篇铁死亡相关研究文献数据，提供253个铁死亡调节因子、111个铁死亡标志基因和95个铁死亡相关疾病信息，其中铁死亡调节因子包含108个铁死亡驱动基因和69个铁死亡抑制基因，以及35个铁死亡诱导剂和41个铁死亡抑制剂，截止当前最新版本上述数据仍在不断更新。FerrDB数据库UI界面友好，每6个月更新一次，为研究人员深入了解铁死亡及铁死亡调控相关基因、药物和铁死亡标志物及相关疾病等信息提供了大量参考。
FerrDB数据库核心模块
1. Browse模块
Browse模块提供铁死亡调控相关基因、药物和铁死亡标志基因及相关疾病信息的查阅功能。见下图。
以Suppressor为例，表格展示238个铁死亡抑制基因的Gene symbol、基因全名、HGNC ID及评分信息。以MTOR基因为例，点击后查看详情。
结果Description部分是MTOR基因的详细信息，包括常见的Ensembl gene ID、HGNC ID、Protein accession以及蛋白质的三维结构。Literature source部分展示了MTOR调节铁死亡具体机制的文献信息，提供证据来源、物种信息、调控关系、证据可信度和PMID等。点击View可查看基因上、下游调控关系。
从上图可以看出，经过实验验证可以得出mTOR 过表达可以抑制铁死亡过程。
其他的Browse模块与Suppressor相类似，用户可以点击不同模块尝试了解相应的信息。
2. Utilities模块
Utilities模块提供了铁死亡调节因子的调控网络、功能富集等分析。这里我们着重介绍Regulation network和Enrichment analysis分析。
首先是Regulation network，我们点击之后进入该界面，选择选择Driver或Suppressor，绘制调控网络图。我们这里以Suppressor为例，如下图所示。
点击图中某基因可展示包含该基因在内的调控子网络，以mTORC1为例，可以得到下图。左上方可以选择感兴趣基因以及对应的Score。
Enrichment analysis分析部分：该分析使用户能够了解他们感兴趣的基因列表是否在 FerrDb 中注释的铁死亡基因集中进行显著富集。加载示例数据，Identifier type选择基因名类型HGNC symbol，富集分析方法选择GSEA，点击Analyze。
结果展示输入基因列表与铁死亡诱导基因、抑制基因及标志基因的富集情况，表格中提供了GSEA富集分析的分析结果。
关于FerrDB数据库的更多信息可以参考下面的文献。
参考文献：
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